İshal tüm canlılarda olduğu gibi kanarya kuşlarında da sık gördüğümüz sindirim sistemi problemlerinden birisidir. Mikrobiyal yani mikroorganizma kaynaklı olanlar ve olmayan şeklinde 2 kısma ayrılabilir. Mikrobiyal olmayan ishaller genellikle beslenme ile ilişkilidir. Ayrıca üşütme gibi durumlarda da ortaya çıkabilir. Mikroorganizmaların neden olduğu ishallerin ise altında farklı nedenler yatabilmektedir. Bazen direk olarak mikroorganizmanın alınması neden olur. Bazen ise bağışıklığın düşmesi sonucunda vücuttaki mevcut mikroorganizmalar enfeksiyon ve ishal oluştururlar. İshal durumu özellikle su kaybı açısından önemlidir.

Eğer mikroorganizma kaynaklı olmayan bir ishal varsa; çeşitli beslenme diyetleri uygulanabilir. İshal durumunda kanaryalara mama veriyorsanız yumurtasız olmasına özen gösterin. Ayrıca yulaf verilebilir. Yine patates ishal durumunda faydalı besinlerden birisidir. Marul gibi yeşillikler su kaybını telafi etmek için değerlendirilebilir. Mikroorganizma kaynaklı olanlarda ise veteriner hekim önerisi ile uygun bir antibiyotik kullanılmalıdır.